双牌日月湖国家湿地公园管理局内设7个机构：

（一）办公室

协助局领导组织、协调全局的日常工作，拟定各种规章制度，做好文秘、人事、档案、纪检、督查、信访、宣传、外事、水电管理及后勤服务等工作。
 

（二）科研监测股

负责整个湿地公园日常水文、气侯、水质、湿地监测工作；负责科研技术引进、推广、传授、交流；负责湿地科研监测中心、气象观测站、水文水质监测站、野生动物疫源疫情监测站和鸟类环境救护站工作。
 

（三）计划财务股

研究提出全局中长期发展计划、年度计划、公园发展的意见和有关政策建议；作公园建设规划，审核公园建设项目；监管国有资产；组织、管理好资金，监督资金的使用；负责统计、审计和日常财务等。
 

（四）保护管理股

负责湿地公园内的资源管理、环境绿化美化等工作，制定自然资源保护各项规章制度。
 

（五）科普宣教股

负责湿地公园科普宣教、对外宣传及湿地宣教中心日常管理等工作。
 

（六）旅游发展股

负责湿地公园的旅游发展规划和旅游日常管理工作。
 

（七）项目建设股

负责湿地公园项目建设与管理。